L’acquisizione diretta di elementi nutritivi minerali da parte delle radici è un processo che può essere modificato dall’associazione di funghi micorrizzici con il sistema radicale. La pianta ospite fornisce alle micorrize (dal greco ”fungo” e ”radice”) associate dei carboidrati e in cambio riceve nutrienti e acqua. Le micorrize sono assenti in radici che crescono in suoli molto secchi, salini o allagati o dove la concimazione del suolo è all’estremo (o troppo alta o troppo bassa). In particolare, le micorrize sono assenti in piante coltivate in colture idroponiche o in colture giovani in rapida crescita. I funghi micorrizici sono formati da fini filamenti tubolari definiti ife, mentre il micelio è l’insieme di ife che forma il corpo del fungo. I funghi micorrizzici sono presenti in due classi principali: micorrize ectotrofiche e micorrize vescicolo-arbuscolari. I funghi delle micorrize ectotrofiche mostrano tipicamente una guaina spessa o mantello di micelio fungino che avvolge la radice e che è in grado di penetrare fra le cellule del parenchima corticale.

Le stesse cellule del parenchima corticale non vengono penetrate dalle ife del fungo, ma sono invece circondate da un intreccio di ife definito reticolo di Hartig. Spesso la quantità di micelio fungino è così estesa che la sua massa totale è paragonabile a quella della stessa radice. Il micelio fungino si estende anche al suolo, lontano da questo mantello compatto, formando delle strutture di ife e dei fasci di ife contenenti corpi fruttiferi. La capacità del sistema radicale di assorbire elementi nutritivi è aumentata dalla presenza delle ife esterne del fungo, che possono andare oltre le aree di suolo prive di elementi nutritivi che circondano la radice. A differenza dei funghi delle micorrize ectotrofiche, i funghi micorrizici arbuscolari non producono un mantello compatto di micelio fungino intorno alla radice. Invece, le ife crescono con una disposizione meno densa sia all’interno della radice stessa che all’esterno nel suolo che circonda la radice. Dopo essere entrate nella radice attraverso l’epidermide o i peli radicali con meccanismi simili a quelli adottati dai batteri azoto-fissatori simbiotici ,le ife non si estendono solamente nelle zone fra le cellule, ma penetrano anche all’interno delle cellule del parenchima corticale. All’interno delle cellule le ife possono formare strutture ovoidali definite vescicole e strutture ramificate dette arbuscoli. Gli arbuscoli sembrano essere il sito di trasferimento degli elementi nutritivi fra il fungo e la pianta ospite. Fuori dalla radice il micelio esterno può estendersi a diversi centimetri dalla radice stessa e può formare delle strutture contenenti spore. Strutture fungine che assomigliano a quelle delle micorrize arbuscolari esistenti sono state trovate in piante fossili di 400 milioni di anni fa. Questa osservazione indica che queste associazioni erano presenti agli albori dell’evoluzione delle piante vascolari. L’associazione fra micorrize arbuscolari e radici delle piante facilita l’assorbimento del fosforo e di metalli presenti in tracce come lo zinco e il rame, come anche dell’acqua. Estendendosi oltre la zona di esaurimento del fosforo attorno alla radice, il micelio esterno aumenta l’assorbimento di questo elemento. Si calcola che una radice infettata da funghi micorrizzici possa trasportare il fosfato a una velocità di quattro volte superiore a quella di una radice non infettata. Infine, le associazioni delle micorrize arbuscolari alterano spesso il movimento dell’acqua verso, attraverso e fuori dalla pianta ospite, alleviando così lo stress idrico.